"
Integrative analyses for the identification of idiopathic pulmonary fibrosis-associated genes and shared loci with other diseases
M Chen, Y Zhang, T Adams, D Ji, W Jiang, LV Wain… - Thorax, 2022
… For target gene enrichment analysis, we hypothesise that if the TF is related to IPF,
their target genes should likely exhibit differential expression patterns in IPF versus
control samples. We showed that target genes were significant enriched in …
-
Integrative analyses for the identification of idiopathic pulmonary fibrosis-associated genes and shared loci with other diseases
Background: Although genome-wide association studies (GWAS) have identified many genomic regions associated with idiopathic pulmonary fibrosis (IPF), the causal genes and functions remain largely unknown. Many single-cell expression data have become available for IPF, and there is increasing evidence suggesting a shared genetic basis between IPF and other diseases.
Methods: We conducted integrative analyses to improve the power of GWAS. First, we calculated global and local genetic correlations to identify IPF genetically associated traits and local regions. Then, we prioritised candidate genes contributing to local genetic correlation. Second, we performed transcriptome-wide association analysis (TWAS) of 44 tissues to identify candidate genes whose genetically predicted expression level is associated with IPF. To replicate our findings and investigate the regulatory role of the transcription factors (TF) in identified candidate genes, we first conducted the heritability enrichment analysis in TF binding sites. Then, we examined the enrichment of the TF target genes in cell-type-specific differentially expressed genes (DEGs) identified from single-cell expression data of IPF and healthy lung samples.
Findings: We identified 12 candidate genes across 13 genomic regions using local genetic correlation, including the POT1 locus (p value=0.00041), which contained variants with protective effects on lung cancer but increasing IPF risk. We identified another 13 novel genes using TWAS. Two TFs, MAFK and SMAD2, showed significant enrichment in both partitioned heritability and cell-type-specific DEGs.
Interpretation: Our integrative analysis identified new genes for IPF susceptibility and expanded the understanding of the complex genetic architecture and disease mechanism of IPF.
- 特発性肺線維症関連遺伝子および他の疾患との共有遺伝子座の同定のための統合的解析
-
特発性肺線維症関連遺伝子および他の疾患との共有遺伝子座の同定のための統合的解析
背景: ゲノムワイド関連研究 (GWAS) により、特発性肺線維症 (IPF) に関連する多くのゲノム領域が特定されているが、原因遺伝子と機能はほとんど不明のままである。 多くの単一細胞発現データが IPF で利用できるようになり、IPF と他の疾患との間で遺伝的基盤が共有されていることを示唆する証拠が増えている。
方法: GWAS の能力を向上させるために統合分析を実施。 まず、グローバルおよびローカルの遺伝的相関を計算して、IPFの遺伝的に関連する形質とローカル領域を特定。 次に、局所的な遺伝的相関に寄与する候補遺伝子に優先順位を付けした。 さらに、44の組織のトランスクリプトームワイド関連解析（TWAS）を実行して、遺伝的に予測された発現レベルがIPFに関連している候補遺伝子を特定した。 私たちの調査結果を再現し、特定された候補遺伝子における転写因子（TF）の調節的役割を調査するために、最初にTF結合部位で遺伝率濃縮分析を実施した。 次に、IPF および健康な肺サンプルの単一細胞発現データから特定された細胞型特異的発現差遺伝子 (DEG) における TF 標的遺伝子の濃縮を調べた。
調査結果: POT1 遺伝子座 (p 値 = 0.00041) を含む局所的な遺伝的相関を使用して、13 のゲノム領域にわたって 12 の候補遺伝子を特定した。 TWASを使用して、さらに13の新規遺伝子を特定した。 MAFKとSMAD2の2つのTFは、分割された遺伝率と細胞型固有のDEGの両方で有意な濃縮を示した。
解釈: 私たちの統合的分析により、IPF 感受性の新しい遺伝子が特定され、IPF の複雑な遺伝的構造と疾患メカニズムの理解が深まった。
"
特発性肺線維症( idiopathic pulmonary fibrosis (IPF) )関連の学術的情報収集してシェアしています。Google Scholar SearchのUpdateを定期的に掲載しています。GoogleのAIが一定の重み付けはしているとは思いますが、玉石混交です。
・・・
昼間、天気の良い日は、近くの海岸線沿いの公園をリハビリをか兼ねて酸素ボンベを転がして散歩します。30分〜１時間くらい、ゆっくりと休み休みで。坂を登ったり、階段を登るとすぐに息切れします。パルスオキシメーターで測ると、Sp02が、普通に80％レベルだったりします。90％を割ると、感覚的にわかるのですが、高地トレーニングと同じで、慣れてしまっている感じです。でも、あまり無理するをその後、本当にしんどい、起きてられなかったりします。喋る、食べる、咳をする、ちょっとした姿勢の変化・・・こういうことでも、簡単にSp02が90％を割ってしまうので、不便です。
・・・
H：「それってあなたの感想ですよネ？！」
私：「ハイ、そうなんですけど、、、事実です！」
癒しの音楽をお届けしています。
###
